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生物显微镜是一种常用的光学仪器，是用来观察生物切片、生物细胞、细菌以及活体组织培养、流质沉淀等的观察和研究，同时可以观察其他透明或者半透明物体以及粉末、细小颗粒等物体。任何仪器都是需要维护保养的。
1、显微镜的安放应选择干燥清洁的房间，以避免光学部件发霉、金属部分生锈以及粘满灰尘。显微镜使用完哔后，即放回箱(柜)内，或用玻璃罩、塑料套罩住，并放入干操剂。
2、不要自行拆卸各部件;镜筒要插上目镜或目镜盖，避免灰尘从镜筒上部进入;透镜表面不要用手指碰触或拭擦，如有灰尘，先用柔软毛笔轻轻拂去，再用柔软的清洁细布拭撩，也可用擦镜纸蘸少许石油醚擦拭，但注意不要在透镜表面划出条纹。
3、生物显微镜不可与腐蚀性酸类、碱类或挥发性强的化学药品放在一起，以免被腐蚀，缩短使用年限。原则上，当观察含液体的标本时，一般都要盖上盖玻片；若液体中含有酸、碱等腐蚀性化学物质时，应把盖玻片的四周用石蜡或凡士林封住，然后观察。 但由于进行显微鉴定时，经常要用这一类试剂，不可能都封固，因此要特别小心，防止液体流到载物台上，更不要沾到物镜上。
4、生物显微镜不应在直射阳光下暴晒，也不要放在靠近炉子或暖气的地方，以避免过度的冷热变化引起透镜和机件的脱胶、变形或损坏。
5、清洁接物镜只限于外表面。接物面被药品污染后用拭镜纸蘸少许擦镜液拭擦(不要用乙醇)；若背面需清洁时，可用柔软毛笔拂拭，或用皮吸头吸去灰尘。
6、转动粗调焦比细调焦动作要缓慢，不要压碎盖被片，以防止物镜和集光器受控击而损坏。
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