沼气的脱硫是一项十分重要的工作，也是沼气利用过程中必不可少的环节。目前，沼气脱硫的方法有很多种，但是最好的方法是利用生物脱硫技术。
利用生物脱硫技术可以在不使用化学试剂或其他有害物质的情况下，有效地将沼气中的硫化氢去除。该技术利用了一些特殊菌类，这些菌类可以将硫化氢转化为硫酸盐或者单质硫，使得沼气成分得到了净化。同时，该技术能耗低、成本较低，对环境和人体健康也没有任何污染。
脱硫原理
1.干法脱硫
干法去除沼气中硫化氢（H2S）以设备为基本原理O2使H2S氧化成硫或硫氧化物的一种方法，也称为干氧化法。干燥设备的组成是将填料放入容器中，包括活性炭、氧化铁等。气体以低流速通过容器的填料层，硫化氢（H2S）氧化成硫或硫氧化物后，留在填料层中，净化后气体从容器另一端排出；
2.湿法脱硫
湿法脱硫可分为物理吸收法、化学吸收法和氧化法。硫化氢在物理和化学方法中存在再处理问题。氧化法以碱性溶液为吸收剂，以氧体为催化剂H2S，氧化成单质硫，湿氧化法是将脱硫剂溶解在水中，液体进入设备，与沼气混合，沼气中的硫化氢（H2S）氢氧化钠、氢氧化钙、碳酸钠、硫酸亚铁等液体与液体反应产生单质硫吸收硫化氢的液体。成熟的氧化脱硫法，脱硫功率可达99.5%以上。在大型脱硫工程中，一般采用湿法粗脱硫，然后干法精脱硫；
3.生物脱硫
生物脱硫技能包括生物过滤、生物吸附和生物滴滤。这三个系统都是开放的，其微生物种群随环境的变化而变化。在生物脱硫过程中，氧化硫污染物必须通过生物还原产生硫化物或硫化物H2S然后通过生物氧化过程产生单质硫，然后才能去除。在大多数生物反应器中，微生物品种主要是细菌，其次是真菌，酵母很少。常用的细菌是硫杆菌的氧化亚铁硫杆菌，脱氮硫杆菌和排硫杆菌。较成功的代表是氧化亚铁硫杆菌，其生长较好pH值为2.0～2.2。